Mark memimpin sekelompok manusia yang masih hidup melalui terowongan kereta bawah tanah untuk melarikan diri, meskipun sebagian besar manusia dibunuh atau diculik.
Yang selamat, Mark, Trent, operator transit Audrey, dan pria tunawisma "Sarge" (yang kebal terhadap cahaya biru karena kebutaannya), melarikan diri ke marina setelah kehancuran nuklir kota, hanya untuk diculik ke kapal asing.
Di atas kapal, Mark mencoba menemukan putranya dan menyerbu ke berbagai kamar, di mana dia bertemu dengan Elaine yang selamat dan suaminya yang telah berubah Jarrod (dari film pertama).
Elaine menjelaskan bahwa Jarrod mempertahankan kendali atas pikirannya meskipun telah diubah menjadi tentara alien bio-mekanis.
Padahal Elaine baru hamil tiga bulan, kehamilannya dipercepat dan dia melahirkan seorang putri.
Elaine meninggal selama pengiriman, dan Mark serta Jarrod bekerja sama untuk menghancurkan kapal dengan memasang bahan peledak alien di dalam sistem kontrol.
Saat Jarrod terbunuh saat melawan pemimpin alien, Mark menyelamatkan Audrey tetapi terlambat untuk menyelamatkan putranya.
Otak Trent diambil dan ditempatkan di makhluk mesin biomekanik asing lainnya. Jarrod yang sekarat menghancurkan kapal, yang jatuh di pedesaan Laos.