Pada Mei 1942, setelah Pertempuran Laut Koral, Layton, bersama dengan Joseph Rochefort dan tim kriptologinya, mulai mencegat pesan mengenai lokasi yang diidentifikasi oleh Jepang sebagai "AF".
Layton berbicara dengan Laksamana Chester Nimitz, yang memberi tahu dia bahwa Washington percaya "AF" menjadi target di Pasifik Selatan.
Layton tidak setuju, percaya target yang dituju adalah Midway Atoll. Setelah bertemu dengan Rochefort, Nimitz menginstruksikan tim untuk menemukan cara membuktikan bahwa "AF" adalah Midway secara definitif.
Setelah Layton menginstruksikan Midway untuk mengirim telegraf dengan jelas (tidak terenkripsi) bahwa mereka menderita kekurangan air, ahli kriptologi yang bekerja untuk Rochefort mencegat komunikasi Jepang tentang kekurangan air di "AF", yang memastikan bahwa "AF" memang di Midway.
Dalam persiapan untuk penyergapan armada Jepang, Nimitz memerintahkan kapal induk USS Hornet and Enterprise ditarik dari Laut Coral dan menuntut agar USS Yorktown yang rusak disiapkan untuk operasi tempur.
Selama persiapan, Best sempat mengalami demoralisasi setelah salah satu anak didiknya jatuh saat lepas landas.
Tetap saja, dia menerima dorongan dari Komandan Grup Udara (CAG) Perusahaan, Wade McCluskey.