Pada suatu ketika, Sherry menyadari bahwa organisasi hitam adalah pelaku pembunuhan adiknya. Ia pun mengkhianati teman kerjanya dengan mengambil racun misterius dari ruang rahasia.
Racun itu terpaksa ia minum untuk merubah tubuhnya menjadi kecil, lalu menggunakan identitas baru yaitu Ai Haibara. Saat ini, Haibara menjadi kolega Conan Edogawa untuk memecahkan berbagai misi.
Tapi organisasi hitam tiba-tiba saja kembali untuk mencari sosok Sherry yang telah lama hilang.***