Joseph memberi tahu Cal bahwa Efek Pendarahan akan memungkinkannya mendapatkan keterampilan Aguilar.
Dia juga mengungkapkan bahwa ibu Cal adalah seorang Assassin, dan dia memilih untuk mati di tangan Joseph daripada dipaksa masuk ke Animus.
Tidak yakin, Cal bersumpah untuk menghancurkan Assassins dengan menemukan Apple.
Sementara itu, Alan ditekan oleh Penatua Templar, Ellen Kaye, untuk menutup Proyek Animus bernilai miliaran dolar karena mereka telah "menang ... orang tidak lagi peduli dengan kebebasan sipil mereka ... mereka puas untuk mengikuti", membuat Sofia mempertanyakan niat ayahnya yang sebenarnya.
Ditegaskan kembali oleh pertemuannya dengan Joseph, Cal rela memasuki Animus.
Aguilar dan Maria menyergap pertemuan antara Muhammad dan Torquemada; mereka membunuh anak buah Torquemada dan merebut kembali Apple, tetapi Ojeda menangkap Maria.
Dia memilih untuk mati untuk melindungi Apple dan menusuk dirinya sendiri pada pedang Ojeda, memungkinkan Aguilar untuk membunuh Ojeda dan melarikan diri melalui Lompatan lain, kekuatan yang menyebabkan Animus rusak parah.
Aguilar kemudian memberikan Apple untuk Christopher Columbus, yang bersumpah untuk membawanya ke kuburannya.
Ketika Moussa dan tahanan Assassin modern memulai kerusuhan untuk melarikan diri, Alan memerintahkan fasilitas dibersihkan.