Beberapa tahun kemudian, di Kolese St. Paul di Makau , seorang pendeta Yesuit Italia, Alessandro Valignano , menerima kabar bahwa Ferreira meninggalkan keyakinannya di Jepang.
Dengan rasa tidak percaya, murid Portugis Ferreira, pendeta muda Yesuit Sebastião Rodrigues dan Francisco Garupe, berangkat untuk menemukannya, dipandu oleh Kichijirō, seorang nelayan yang terdampar di Makau.
Kichijirō sedang mencari penebusan, saat dia meninggalkan keyakinannya untuk menyelamatkan dirinya sendiri sementara anggota keluarganya yang lain dihukum mati.
Sesampainya di desa Tomogi di Jepang, para pendeta menemukan penduduk Kristen setempat terdorong ke bawah tanah karena takut akan "Penyelidik".
Penduduk desa menyembunyikan kedua pendeta tersebut, tetapi mereka merasa ngeri ketika pejabat keshogunan datang untuk menemukan orang Kristen yang tersembunyi dan memaksa mereka untuk menginjak fumi-e, patung pahatan Kristus.
Penduduk desa yang menolak dibiarkan tenggelam di pantai dan jenazahnya dikremasi sehingga tidak bisa dikuburkan dengan layak.
Garupe berangkat ke Pulau Hirado dan Rodrigues ke Pulau Gotō , tempat terakhir Ferreira terlihat.
Rodrigues menemukan desa itu hancur dan Kichijirō mengkhianatinya kepada pihak berwenang, yang memenjarakannya di Nagasaki.