Rodrigues mengambil nama dan istri orang Jepang dan ditugaskan oleh Inkuisitor untuk membantu Ferreira dalam usahanya mencegah para pedagang Belanda menyelundupkan perlengkapan Kristen ke Dejima.
Dia mendengar suara Yesus, yang meyakinkannya bahwa alih-alih tetap diam seperti yang dipikirkan Rodrigues, Yesus juga menderita bersama mereka yang terbunuh.
Meski telah murtad, Rodrigues dipaksa oleh pejabat keshogunan untuk membuktikan bahwa dia tidak mempraktikkan agamanya secara rahasia.
Kichijirō ditangkap setelah tertangkap dengan jimat Kristen dan Rodrigues tidak pernah melihatnya lagi.
Mantan pendeta itu menjalani sisa hidupnya di Jepang. Setelah kematiannya, ia diberi pemakaman tradisional Jepang.
Istrinya diizinkan untuk meletakkan persembahan di tangannya untuk mengusir roh jahat - dia meletakkan salib kecil yang dibuat dengan kasar yang diberikan kepadanya ketika dia pertama kali datang ke Tomogi, menunjukkan bahwa di dalam hatinya, Rodrigues tetap menjadi seorang Kristen sepanjang hidupnya. ***