Apollo 12 mengungkapkan bahwa Bulan berlubang , dan perangkat EMP militer yang dibuat untuk membunuh kawanan tersebut ditinggalkan karena alasan anggaran.
Dengan bantuan dari mantan suaminya Jenderal Doug Davidson, Kepala Staf Angkatan Udara.
Jo meminta EMP dan menyelamatkan pensiunan Space Shuttle Endeavour dari museum untuk menjalankan misi baru: memperbaiki orbit Bulan dan menghancurkan kawanannya.
Brian, KC, dan Jo meluncurkan EMP, nyaris lolos ke orbit saat tsunami menghancurkan Pangkalan Angkatan Udara Vandenberg.
Mereka mencapai bagian dalam Bulan, dan ternyata merupakan bola Dyson yang ditenagai oleh katai putih di pusatnya.
Sistem operasi AI pada bola Dyson menjelaskan kepada Brian bahwa miliaran tahun yang lalu, nenek moyang umat manusia yang berteknologi maju dibasmi oleh AI jahat.
Mereka membangun Bulan sebagai bahtera antarbintang untuk menciptakan dan menyemai kehidupan di Bumi, namun gerombolan tersebut – AI yang jahat – menemukan Bulan dan menyedot energi dari sumber tenaganya, sehingga mengganggu kestabilan orbitnya.
Sementara itu, putra Brian, Sonny, putra Jo, Jimmy, dan pengasuhnya, Michelle, mencoba mencapai bunker militer Doug di pegunungan Colorado, menemukan mantan istri Brian dan ibu Sonny, Brenda, suaminya Tom, dan keluarga tiri mereka.
Melarikan diri dari bencana yang disebabkan oleh kedekatan Bulan dan melawan para penyintas lainnya, kelompok ini menemukan tempat aman di terowongan gunung.